A alquimia é uma especie de química primitiva, baseia-se em superstições, filosofia, magia e religião. A alquimia tinha três objetivos principais: A transformação de metais em ouro, a cura para a todas as enfermidades, e a confecção da pedra filosofal (elixir da vida eterna).
Na série, a alquimia é tratada como uma forma de magia, baseada na reorganização das moléculas. De acordo com a lei "Nada se cria, nada se perde, tudo se transforma" o alquimista tem o conhecimento de fazer com que ocorra a reorganização ao seu bel prazer.
